Մխիթար Սեբաստացին սովորել է Սեբաստիայի Սբ Նշան, ապա՝ Էջմիածնի, Սևանի, Կարինի վանքերում։ 1693 թ. մեկնել է Բերիա (այժմ՝ Հալեպ), որտեղ ծանոթացել է կաթոլիկ միսիոներների հետ։ 1696 թ. ձեռնադրվել է կուսակրոն քահանա, 1699 թ.՝ ստացել վարդապետական գավազան։ 1701 թ. Կոստանդնուպոլսում հիմնադրել է միաբանություն։ 1705 թ. Հռոմի իշխանություններից ձեռք բերելով վանք հիմնելու համաձայնություն՝ 1706 թ. Վենետիկին ենթակա Հունաստանի Մեթոն բերդաքաղաքում ձեռնամուխ է եղել վանքի կառուցմանը։
1712 թ. Հռոմի պապը Սեբաստացուն շնորհել է աբբահոր կոչում։ Խուսափելով թուրքական հարձակումներից՝ 1715 թ. միաբանությունը տեղափոխվել է Վենետիկ։ 1717 թվականին Վենետիկի Ծերակույտը հրովարտակով Սբ. Ղազար կղզին շնորհել է միաբանությանը։ Այստեղ Սեբաստացին կառուցել է եկեղեցի, բացել դպրոց, պատրաստել է միաբան-գործիչներ։ Սբ. Ղազարում նա զբաղվել է մատենագիտական աշխատանքով, ղեկավարել իր սաների բանասիրական հետազոտական աշխատանքները, կատարել թարգմանություններ, հրատարակել գրքեր։ Սեբաստացու մահվանից հետո միաբանությունը, ի պատիվ նրա, կոչվել է Մխիթարյան։ Դեռևս կենդանության օրոք նրան մեծարել են Երկրորդ Լուսավորիչ ազգիս, Երկրորդ Մեսրոպ և այլ պատվանուններով։